La formation doctorale est une formation par la recherche pour la recherche, sa valorisation, l’expertise et le conseil. Le niveau Doctorat est accessible aux étudiants titulaires d’un Master et aux étudiants internationaux à niveau de diplôme équivalent. Chaque équipe de recherche est intégrée à une Ecole Doctorale dans des champs scientifiques connexes. La durée de la formation est de 36 mois. Elle conduit, après la rédaction d’une thèse et sa soutenance devant un jury, au grade de docteur de l’Université de Bourgogne.